MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lactobacillus salivarius UCC118 plasmid pSF118-20

Total Repeats: 308

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006529	ACC	2	6	79	84	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56707108
2	NC_006529	GTT	2	6	117	122	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707108
3	NC_006529	CCA	2	6	204	209	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56707108
4	NC_006529	AGT	2	6	237	242	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707108
5	NC_006529	TTG	2	6	319	324	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707108
6	NC_006529	CAT	2	6	414	419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707108
7	NC_006529	CTAAG	2	10	459	468	40 %	20 %	20 %	20 %	56707108
8	NC_006529	TTG	2	6	493	498	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707108
9	NC_006529	TTGC	2	8	531	538	0 %	50 %	25 %	25 %	56707108
10	NC_006529	TGC	2	6	746	751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707108
11	NC_006529	CTG	2	6	753	758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707108
12	NC_006529	TAG	2	6	772	777	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707108
13	NC_006529	ATC	2	6	821	826	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707108
14	NC_006529	TTG	2	6	862	867	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707108
15	NC_006529	TAA	2	6	871	876	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707108
16	NC_006529	AAT	2	6	911	916	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707108
17	NC_006529	ATC	2	6	931	936	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707108
18	NC_006529	CGTT	2	8	953	960	0 %	50 %	25 %	25 %	56707108
19	NC_006529	CGT	2	6	1016	1021	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707108
20	NC_006529	GTC	2	6	1031	1036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707108
21	NC_006529	TCG	2	6	1068	1073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707108
22	NC_006529	TTTA	2	8	1087	1094	25 %	75 %	0 %	0 %	56707108
23	NC_006529	CTT	2	6	1122	1127	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707108
24	NC_006529	AAT	2	6	1142	1147	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707108
25	NC_006529	TTAA	2	8	1178	1185	50 %	50 %	0 %	0 %	56707108
26	NC_006529	GCG	2	6	1213	1218	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56707108
27	NC_006529	ATC	2	6	1222	1227	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707108
28	NC_006529	TAAC	2	8	1275	1282	50 %	25 %	0 %	25 %	56707108
29	NC_006529	T	6	6	1284	1289	0 %	100 %	0 %	0 %	56707108
30	NC_006529	ATTG	2	8	1333	1340	25 %	50 %	25 %	0 %	56707108
31	NC_006529	ATT	2	6	1351	1356	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707108
32	NC_006529	TC	3	6	1411	1416	0 %	50 %	0 %	50 %	56707108
33	NC_006529	CAA	2	6	1473	1478	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707108
34	NC_006529	GATCC	2	10	1492	1501	20 %	20 %	20 %	40 %	56707108
35	NC_006529	T	7	7	1508	1514	0 %	100 %	0 %	0 %	56707108
36	NC_006529	T	6	6	1547	1552	0 %	100 %	0 %	0 %	56707108
37	NC_006529	T	6	6	1566	1571	0 %	100 %	0 %	0 %	56707108
38	NC_006529	CAAC	2	8	1587	1594	50 %	0 %	0 %	50 %	56707108
39	NC_006529	TTGC	2	8	1636	1643	0 %	50 %	25 %	25 %	56707108
40	NC_006529	CATGCG	2	12	1725	1736	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	56707108
41	NC_006529	CCA	2	6	1773	1778	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56707108
42	NC_006529	AAT	2	6	1817	1822	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707108
43	NC_006529	TCTT	2	8	1901	1908	0 %	75 %	0 %	25 %	56707108
44	NC_006529	CTT	2	6	2019	2024	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707108
45	NC_006529	ATC	2	6	2026	2031	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707108
46	NC_006529	GGC	2	6	2056	2061	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56707108
47	NC_006529	AAG	2	6	2424	2429	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707109
48	NC_006529	A	6	6	2466	2471	100 %	0 %	0 %	0 %	56707109
49	NC_006529	ATT	2	6	2501	2506	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707109
50	NC_006529	A	6	6	2565	2570	100 %	0 %	0 %	0 %	56707109
51	NC_006529	AGCA	2	8	2659	2666	50 %	0 %	25 %	25 %	56707110
52	NC_006529	GAA	2	6	2826	2831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707110
53	NC_006529	A	6	6	2882	2887	100 %	0 %	0 %	0 %	56707110
54	NC_006529	TTC	2	6	3042	3047	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707111
55	NC_006529	T	6	6	3056	3061	0 %	100 %	0 %	0 %	56707111
56	NC_006529	CAC	2	6	3238	3243	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56707111
57	NC_006529	TTG	2	6	3305	3310	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707111
58	NC_006529	TGTT	2	8	3374	3381	0 %	75 %	25 %	0 %	56707111
59	NC_006529	TGT	2	6	3399	3404	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707111
60	NC_006529	GTG	2	6	3415	3420	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707111
61	NC_006529	A	6	6	3425	3430	100 %	0 %	0 %	0 %	56707111
62	NC_006529	TTC	2	6	3431	3436	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707111
63	NC_006529	CCTTGT	2	12	3456	3467	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	56707111
64	NC_006529	GCC	2	6	3498	3503	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56707111
65	NC_006529	ACT	2	6	3504	3509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707111
66	NC_006529	CT	3	6	3574	3579	0 %	50 %	0 %	50 %	56707111
67	NC_006529	GTTTGT	2	12	3645	3656	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707111
68	NC_006529	GTTT	2	8	3730	3737	0 %	75 %	25 %	0 %	56707111
69	NC_006529	ATA	2	6	3857	3862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707112
70	NC_006529	TCT	2	6	3863	3868	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707112
71	NC_006529	CCG	2	6	3936	3941	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56707112
72	NC_006529	TGC	2	6	3944	3949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707112
73	NC_006529	CTT	2	6	4007	4012	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707112
74	NC_006529	TTGGT	2	10	4016	4025	0 %	60 %	40 %	0 %	56707112
75	NC_006529	CCA	2	6	4257	4262	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56707113
76	NC_006529	TCA	2	6	4367	4372	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707113
77	NC_006529	TTC	2	6	4383	4388	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707113
78	NC_006529	TTG	2	6	4479	4484	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707113
79	NC_006529	TCA	2	6	4555	4560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707113
80	NC_006529	GTTTT	2	10	4596	4605	0 %	80 %	20 %	0 %	56707113
81	NC_006529	CTG	2	6	4613	4618	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707113
82	NC_006529	T	6	6	4711	4716	0 %	100 %	0 %	0 %	56707113
83	NC_006529	GTC	2	6	4749	4754	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707113
84	NC_006529	T	6	6	4777	4782	0 %	100 %	0 %	0 %	56707113
85	NC_006529	T	6	6	4831	4836	0 %	100 %	0 %	0 %	56707113
86	NC_006529	GTTC	2	8	4943	4950	0 %	50 %	25 %	25 %	56707113
87	NC_006529	TTCT	2	8	5010	5017	0 %	75 %	0 %	25 %	56707113
88	NC_006529	CTT	2	6	5096	5101	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707113
89	NC_006529	TTG	2	6	5190	5195	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707113
90	NC_006529	AGC	2	6	5931	5936	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56707114
91	NC_006529	CTT	2	6	5999	6004	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707114
92	NC_006529	A	6	6	6022	6027	100 %	0 %	0 %	0 %	56707114
93	NC_006529	TCTT	2	8	6040	6047	0 %	75 %	0 %	25 %	56707114
94	NC_006529	TTC	2	6	6084	6089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707114
95	NC_006529	T	8	8	6093	6100	0 %	100 %	0 %	0 %	56707114
96	NC_006529	TTA	2	6	6142	6147	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707115
97	NC_006529	TTG	2	6	6153	6158	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707115
98	NC_006529	GTTTT	2	10	6192	6201	0 %	80 %	20 %	0 %	56707115
99	NC_006529	TTA	2	6	6259	6264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707115
100	NC_006529	GCT	2	6	6289	6294	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707115
101	NC_006529	TCA	2	6	6301	6306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707115
102	NC_006529	CAA	2	6	6365	6370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707115
103	NC_006529	A	6	6	6369	6374	100 %	0 %	0 %	0 %	56707115
104	NC_006529	GT	3	6	6552	6557	0 %	50 %	50 %	0 %	56707115
105	NC_006529	AGTC	2	8	6578	6585	25 %	25 %	25 %	25 %	56707115
106	NC_006529	GTT	2	6	6603	6608	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707115
107	NC_006529	AAC	2	6	6622	6627	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707115
108	NC_006529	TGT	2	6	6644	6649	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707115
109	NC_006529	TTC	2	6	6744	6749	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707115
110	NC_006529	T	6	6	6785	6790	0 %	100 %	0 %	0 %	56707115
111	NC_006529	GTT	2	6	6799	6804	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707115
112	NC_006529	TAG	2	6	6831	6836	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707115
113	NC_006529	T	7	7	6839	6845	0 %	100 %	0 %	0 %	56707115
114	NC_006529	GTT	2	6	6886	6891	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707115
115	NC_006529	TAA	2	6	6923	6928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707115
116	NC_006529	TTG	2	6	7050	7055	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707116
117	NC_006529	TTG	2	6	7107	7112	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707116
118	NC_006529	TCA	2	6	7141	7146	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707116
119	NC_006529	GCC	2	6	7160	7165	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56707116
120	NC_006529	CT	3	6	7167	7172	0 %	50 %	0 %	50 %	56707116
121	NC_006529	TCGTT	2	10	7183	7192	0 %	60 %	20 %	20 %	56707116
122	NC_006529	CTT	2	6	7208	7213	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707116
123	NC_006529	ATCA	2	8	7296	7303	50 %	25 %	0 %	25 %	56707116
124	NC_006529	GTT	2	6	7520	7525	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707116
125	NC_006529	ACTC	2	8	7557	7564	25 %	25 %	0 %	50 %	56707116
126	NC_006529	ATT	3	9	8130	8138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707117
127	NC_006529	GAA	2	6	8190	8195	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707117
128	NC_006529	TTGA	2	8	8202	8209	25 %	50 %	25 %	0 %	56707117
129	NC_006529	ATG	2	6	8220	8225	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707117
130	NC_006529	CGG	2	6	8228	8233	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56707117
131	NC_006529	GAA	2	6	8304	8309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707117
132	NC_006529	CAA	2	6	8348	8353	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707117
133	NC_006529	GACAA	2	10	8421	8430	60 %	0 %	20 %	20 %	56707117
134	NC_006529	TGA	2	6	8441	8446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707117
135	NC_006529	AGA	2	6	8456	8461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707117
136	NC_006529	TGCT	2	8	8563	8570	0 %	50 %	25 %	25 %	56707117
137	NC_006529	A	6	6	8571	8576	100 %	0 %	0 %	0 %	56707117
138	NC_006529	GGT	2	6	8604	8609	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707117
139	NC_006529	AGTAA	2	10	8655	8664	60 %	20 %	20 %	0 %	56707117
140	NC_006529	TCT	2	6	8769	8774	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707117
141	NC_006529	GAA	2	6	8787	8792	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707117
142	NC_006529	CTTAA	2	10	8805	8814	40 %	40 %	0 %	20 %	56707117
143	NC_006529	CTG	2	6	8890	8895	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707117
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149	NC_006529	CTA	2	6	9298	9303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707117
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153	NC_006529	ATC	2	6	9861	9866	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707118
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155	NC_006529	GAAT	2	8	9916	9923	50 %	25 %	25 %	0 %	56707118
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166	NC_006529	ATT	2	6	11064	11069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707119
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183	NC_006529	A	6	6	11875	11880	100 %	0 %	0 %	0 %	56707121
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261	NC_006529	GGACA	2	10	17086	17095	40 %	0 %	40 %	20 %	56707129
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269	NC_006529	AGT	2	6	17963	17968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707131
270	NC_006529	TTG	2	6	18082	18087	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707131
271	NC_006529	TTA	2	6	18184	18189	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707132
272	NC_006529	AACA	2	8	18193	18200	75 %	0 %	0 %	25 %	56707132
273	NC_006529	GCT	2	6	18228	18233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707132
274	NC_006529	ATT	2	6	18249	18254	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707132
275	NC_006529	GAT	2	6	18270	18275	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707132
276	NC_006529	A	6	6	18329	18334	100 %	0 %	0 %	0 %	56707132
277	NC_006529	AT	3	6	18450	18455	50 %	50 %	0 %	0 %	56707133
278	NC_006529	GGC	2	6	18501	18506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56707133
279	NC_006529	ATC	2	6	18600	18605	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707133
280	NC_006529	ACTA	2	8	18607	18614	50 %	25 %	0 %	25 %	56707133
281	NC_006529	TAT	2	6	18639	18644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707133
282	NC_006529	GAA	2	6	18719	18724	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707133
283	NC_006529	AGA	2	6	18727	18732	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707133
284	NC_006529	AAT	2	6	18733	18738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707133
285	NC_006529	ATT	2	6	18751	18756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707133
286	NC_006529	TGA	2	6	18766	18771	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707133
287	NC_006529	AGA	2	6	19025	19030	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707134
288	NC_006529	CAAT	2	8	19077	19084	50 %	25 %	0 %	25 %	56707134
289	NC_006529	GAAC	2	8	19164	19171	50 %	0 %	25 %	25 %	56707134
290	NC_006529	ACC	2	6	19206	19211	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56707134
291	NC_006529	AAG	2	6	19371	19376	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707134
292	NC_006529	AAT	2	6	19422	19427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707134
293	NC_006529	GAC	2	6	19431	19436	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56707134
294	NC_006529	TTTA	2	8	19502	19509	25 %	75 %	0 %	0 %	56707134
295	NC_006529	GTC	2	6	19576	19581	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707134
296	NC_006529	ATGG	2	8	19628	19635	25 %	25 %	50 %	0 %	56707134
297	NC_006529	CTT	2	6	19637	19642	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707134
298	NC_006529	TGTT	2	8	19681	19688	0 %	75 %	25 %	0 %	56707134
299	NC_006529	AAG	2	6	19810	19815	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707134
300	NC_006529	ATTT	2	8	19834	19841	25 %	75 %	0 %	0 %	56707134
301	NC_006529	GGT	2	6	19916	19921	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707134
302	NC_006529	GAA	2	6	19922	19927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707134
303	NC_006529	TGG	2	6	19954	19959	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707134
304	NC_006529	AAT	2	6	20001	20006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707134
305	NC_006529	CGT	3	9	20034	20042	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707134
306	NC_006529	ACT	2	6	20099	20104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707134
307	NC_006529	GCT	2	6	20127	20132	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707134
308	NC_006529	AGA	2	6	20189	20194	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707134

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.